Sau khi lật đổ Mạc phủ Tokugawa, Kido giữ vai trò to lớn trong việc thành lập chính quyền Meiji. Là một sangi (Cố vấn Hoàng gia) ông giúp soạn thảo Ngũ cá điều ngự thệ văn, và khởi động các chính sách tập quyền hóa và hiện đại hóa. Ông trực tiếp thực hiện việc giải thể hệ thống han.

Năm 1871, ông đi cùng phái đoàn Iwakura trên chuyến hải hành vòng quanh thế giới đến Hoa Kỳ và châu Âu, và ông đặc biệt thích thú với nền chính trị và hệ thống giáo dục phương Tây. Trên đường trở về Nhật Bản, ông trở thành người chủ trương mạnh mẽ thành lập chính phủ đại nghị. Nhận ra rằng Nhật Bản không hề có tư cách thách thức các cường quốc phương Tây trong tình trạng hiện nay, ông cũng trở về Nhật Bản đúng lúc để ngăn chặn cuộc xâm lược Triều Tiên (Seikanron).

Kido mất vị trí đứng đầu nhóm đầu sỏ chính trị thời Meiji vào tay Ōkubo Toshimichi, và từ nhiệm để phản đối cuộc Viễn chinh Đài Loan năm 1874, mà ông chống đối kịch liệt.

Sau Hội nghị Ōsaka năm 1875, Kido đồng ý trở lại chính quyền, trờ thành Chủ tịch của Hội đồng các Thống đốc tỉnh mà Hội nghị Osaka đã lập ra. Ông cũng chịu trách nhiệm trong việc dạy dỗ Thiên hoàng Meiji còn nhỏ tuổi.

Giữa cuộc nổi loạn Satsuma năm 1877, ông qua đời vì bệnh não. Lúc đó, ông mới có 43 tuổi.